Στη διάρκεια της B΄ Βυζαντινής περιόδου ο ναός του Αγίου Τίτου, ο επισημότερος και μεγαλύτερος στο Χάνδακα, γίνεται η Μητρόπολη της νέας Επισκοπής της Κρήτης. Αργότερα οι Βενετοί εγκαθιστούν στο ναό Λατίνο αρχιεπίσκοπο μετατρέποντάς τον σε Επισκοπή Λατίνων.
Βρίσκεται στην οδό 25ης Αυγούστου, δίπλα στην ενετική οπλαποθήκη (Αρμερία) και την Ενετική λέσχη (Λότζια).
Στη διάρκεια της μακραίωνης ιστορίας του ο ναός καταστράφηκε επανειλημμένως από σεισμούς και πυρκαγιές. Ωστόσο, οι εκάστοτε κυρίαρχοι φρόντιζαν άμεσα για την αποκατάστασή του, καθώς αποτελούσε το σημαντικότερο μνημείο της πόλης. Το 1925, μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών, ο ναός πέρασε στη δικαιοδοσία της Εκκλησίας της Κρήτης.
Αρχιτεκτονική
Ο ναός, που εγκαινιάστηκε από τον Φαντίνο Ντάντολο το 1446, ήταν μια τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική με περίτεχνη διακόσμηση. Στη δυτική του πρόσοψη είχε τρεις πόρτες, όπως φαίνεται σε σχέδιο του ζωγράφου Μανέα Κλώντζα.
Ο ναός καταστράφηκε κατά το σεισμό του 1856 και ανοικοδομήθηκε το 1869, σε σχέδια του Ηπειρώτη αρχιτέκτονα Αθανάσιου Μούση. Κτίζεται νέο μεγαλοπρεπές τέμενος εκλεκτικιστικού ρυθμού. «Το χαρίεν αυτό αρχιτεκτονικόν καλλιτέχνημα, που δεν υπήρξε παρόμοιον του εν Κρήτη», όπως λέει ο Ξανθουδίδης, «με τα πολλά παράθυρά του, με τα καμπυλωτά και τοξωτά περιγράμματά των, παρουσιάζει όψη αραβική, όπως το βλέπομε σήμερα.
Ο ναός έχει σχήμα βασιλικής, σχεδόν τετράγωνο, με τρούλο στη μέση και ανεξάρτητο κωδωνοστάσιο στη νοτιοδυτική του γωνία. Ο ναός δεν έχει κόγχες και είναι προσανατολισμένος ανατολικά, στεγασμένος με ενιαία στέγη. Στο εσωτερικό δύο τοξοστοιχίες χωρίζουν το ναό σε τρία κλίτη.
Η ίδρυση
Μετά την περίοδο της Αραβοκρατίας και την ανάκτηση της Κρήτης το 961 από τους Βυζαντινούς, αποκαταστάθηκε και η εκκλησία της Κρήτης. Ο ερειπωμένος Χάνδακας χτίστηκε ξανά εκ θεμελίων και έγινε πρωτεύουσα του νησιού. Την περίοδο αυτή πρέπει να κτίστηκε ο ναός που αφιερώθηκε στον Ισαπόστολο Τίτο, για να συνεχιστεί η παλαιά θρησκευτική παράδοση, που είχε διακοπεί από τους Άραβες που κατέστρεψαν τη Γόρτυνα, την πρώτη θρησκευτική πρωτεύουσα του νησιού στην οποία υπήρχε ο ναός του Αγίου Τίτου, τμήματα του οποίου σώζονται και σήμερα.
Στο νέο ναό απόθεσαν την κάρα του Αγίου Τίτου, τη θαυματουργή εικόνα της Παναγίας της Μεσοπαντίτισσας και άλλα λείψανα και κειμήλια που είχαν σώσει Χριστιανοί από το ναό της Γόρτυνας. Στον περίβολο του ναού έθαβαν τους Αρχιεπισκόπους, τους Κατεπάνω και τους Στρατηγούς της Βυζαντινής περιόδου. Η πρακτική αυτή συνεχίστηκε και τις επόμενες περιόδους.
Βεζίρ τζαμί
Στη διάρκεια της οθωμανικής περιόδου, ο ναός παραχωρήθηκε στον πορθητή του Χάνδακα Φαζίλ Αχμέτ Κιοπρουλή και μετατράπηκε σε τζαμί -το λεγόμενο Βεζίρ τζαμί- ενώ το κωδωνοστάσιο μετατράπηκε σε μιναρέ.
Κατά την παράδοση του Χάνδακα στους Οθωμανούς, το 1669, όλα τα κειμήλια μεταφέρθηκαν στη Βενετία. Συγκεκριμένα, στον Άγιο Μάρκο της Βενετίας μεταφέρθηκε η Κάρα του Αγίου Τίτου ενώ στην εκκλησία της Σωτηρίας (della Salute) φυλάσσεται ακόμα μέχρι σήμερα η εικόνα της Μεσοπαντίτισσας.
Ο μεγάλος σεισμός του 1856 κατέστρεψε εξ ολοκλήρου το ναό, που κτίστηκε πάλι από την αρχή, σε σχέδια του αρχιτέκτονα Αθ. Μούση.
Ορθόδοξος ναός
Το 1925, μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών, ο ναός πέρασε στη δικαιοδοσία της Εκκλησίας της Κρήτης και επισκευάστηκε κατάλληλα για να αποδοθεί εκ νέου στην Ορθόδοξη Χριστιανική λατρεία. Τότε αφαιρέθηκε και ο μιναρές του. Στις 3 Μαΐου 1925, ύστερα από 256 χρόνια, έγιναν τα εγκαίνιά του και αφιερώθηκε πάλι στον Ισαπόστολο Τίτο.
Το 1930 έγινε η εικονογράφηση του Ναού από τον αυτοδίδακτο Καστρινό ζωγράφο Ευάγγελο Μαρκογιαννάκη.
Στις 15 Μαΐου 1966 πραγματοποιήθηκε με κάθε λαμπρότητα και επισημότητα η ανακομιδή της Κάρας του Αγίου Τίτου από τον Άγιο Μάρκο της Βενετίας.
Candia 